日本各地に分布します。沖縄では外来種と考えられています。河川の下流から中流、ため池、ダム湖などで見られます。沖縄本島へは、明治時代にはすでに移入されていたようです。コイは悪食で、口に入るものは、何でも食べてしまうようです。IUCNによる「世界の外来侵入種ワースト100 」にも入っています。安易に沖縄の河川に放流するのは、在来の生物に多大な悪影響を及ぼす可能性があります。
IUCN日本委員会による世界の外来侵入種ワースト100のサイト