体長５〜６cm低地から山地まで普通に生息します。八重山諸島に分布しています。沖縄諸島に分布しているのは、別種のオキナワアアオガエルです。
　池や水たまり、湿地などで見られます。卵は草の根本、石の下、地面の窪みなどにクリーム色の泡状の卵塊として産み付けられています。イヌビワなどの、水が溜まった樹洞の縁に産み付けられることもあるようです。草やぶの中や樹上で鳴いている事が多く、なかなか撮影できません。
　繁殖期は主に冬季のようですが、だらだらと周年繁殖しているようです。沖縄諸島に分布するオキナワアオガエルは、冬季に繁殖するのですが、ヤエヤマアオガエルの繁殖期は、かなりいい加減なようです。